La Dirección Museológica es la unidad responsable de los museos históricos y antropológicos de la Universidad Austral de Chile. Tiene como misión contribuir en la puesta en valor, conservación y estudio del patrimonio cultural, histórico y arqueológico del sur austral de Chile.

La unidad está conformada por los siguientes espacios patrimoniales ubicados en las regiones de Los Ríos y Los Lagos: Museo Histórico y Antropológico Maurice Van de Maele, Museo de la Exploración Rudolph Amandus Philippi, Museo Colonial Alemán de Frutillar, Parque Isla Millahuapi y Sitio Arqueológico La Misión.

Para la gestión de colecciones, mediación cultural e investigación, la Dirección Museológica cuenta con los laboratorios de conservación, arqueología y antropología audiovisual, así como con el área de educación patrimonial.